宋代，汉阳县在境内设西倪、凤栖、长乐、北丰乐、巨龙等5个乡里；元代设西倪、长乐、北丰乐、巨龙等4个；明初至清末设凤栖、丰乐2个。区境西北属孝感、 汉川的村落，分归两县广阳、大赤乡管辖。从民国元年（1912年）起，区、乡几经分合更改，到1958年，境域区划情况如下表：

1958年3月，东西湖围垦主体工程完成后，先后组建了15个农场，各场均为政企合一体 制，代行乡镇职能。1959年恢复新沟镇建制。1960—1965年，对15个场进行整合，定型为吴家山、慈惠墩、走马岭、新沟、荷包湖、辛安渡、东山、 柏泉、径河、三店等10个农场和水产养殖场。1966年9月在汉阳县邓南区的银莲湖筑堤，围湖垦殖，组建东西湖汉南农场。1978年3月29日汉南农场划出，交新成立的武汉市汉南农场管理局。同年11月成立吴家山新村街道办事处，1984年经湖北省政府批准更名为吴家山街道办事处。1985年3月8日以东 风垸为基础成立东风垸渔牧场。同年9月14日，经省政府批准，在11个农场设立慈惠墩、走马岭、新沟、辛安渡、荷包湖、东山、柏泉、径河、三店、李家墩、长青等东西湖区人民政府办事处，其管辖的地域范围与所在的农场相同。1989年3月将新沟农场的新河大队、新沟大队划出，组建新河农场与新沟镇合署。将东山农场的五四大队、五七大队、前进大队和柏泉农场的连通湖一大队划出新组建湖心农场。1991年11月撤销湖心农场，原湖心农场所属各单位以总干沟为界分 别划归东山与柏泉农场。1997年3月撤销东风垸渔牧场，所属单位成建制的划归东山与柏泉农场。

2005年，在吴家山农场建长青街；在慈惠农场建慈惠街；在新沟、走马岭农场建走马岭街；在新河、荷包湖农场建新沟镇街；重新整合三店、径河农场和水产养殖场，建径河、金银湖、将军路街；辛安渡、东山、柏泉3个办事处仍代行街镇职能。至此，东西湖区下辖8个行政街道和3个办事处。2008年，全区共有社区居民委员会83个，村民委员会60个。